ระหว่างการรบครั้งใหญ่ พลทหารหนุ่ม Redo และหุ่นของเขา Chamber ได้ถูกดูดไปในการบิดเบี้ยวของมิติและกาลเวลาไปยังดาวเคราะห์ที่ปกคลุมไปด้วย น้ำ และเรือขนาดยักษ์ Redo มาถึงกองเรือที่เรียกว่า Gargantia เขาไม่รู้ทั้งประวัติศาสตร์ของดาวเคราะห์ดวงนี้หรือวัฒนธรรม จึงต้องอยู่กับเด็กสาวที่ชื่อ Amy ผู้ส่งสารในท่าเรือแห่งนี้