เป็นภาคต่อของ Gundam 00 Second ซึ่งเหตุการณ์ดำเนินเนื้อหาช่วง 2 ปี ต่อจากภาคทีวี เมื่อโลกรวมเป็นหนึ่งเดียวพร้อมก้าวไปสู่อวกาศ ตัวเอกของเรื่องเซ็ตสึนะผู้กลายเป็นมนุษย์พิเศษอินโนเวเตอร์และเหล่าเซเลสเชียลบีอิ้งยังคงทำหน้าที่แทรกแซงการใช้กำลังอยู่อย่างเงียบๆ เพื่อความสงบสุขอันเกิดจากความหวาดกลัว ทว่าความสงบสุขดังกล่าวกำลังจะพังทลายลงเพราะมีศัตรูลึกลับที่ไม่ใช่มนุษย์ได้เริ่มทำการรุกรานโลกใบนี้ เหล่ามวลมนุษยชาติจะเป็นเช่นไร? การใช้กำลังคือบ่อเกิดแห่งความสงบสุขที่ยั่งยืนจริงหรือ?