คุโด้ ชินอิจิ นักสืบนักเรียนมัธยมปลายวัย 17 ปีถูกขนานนามว่า "ยอดนักสืบแห่งปีเฮย์เซย์" ได้แอบดูการเจรจาลับของชายชุดดำ โดยไม่ระวังว่าชายชุดดำอีกคนได้แอบลอบทำร้ายด้านหลัง แล้วถูกจับกรอกยาพิษ และยาพิษนั้นกลับทำให้ชินอิจิตัวเล็กลงจนกลายเป็นเด็กอายุ 7 ขวบและเปลี่ยนชื่อใหม่เป็น เอโดงาวะ โคนัน ด้วยความช่วยเหลือของดร.อากาสะ ฮิโรชิ และเพื่อสืบหาเบาะแสร่องรอยของชายชุดดำและเพื่อนำยาแก้พิษกลับมา จึงได้ไปอยู่กับโมริ รันเพื่อนตั้งแต่สมัยเด็กที่สำนักงานนักสืบโมริ การสืบหาชายชุดดำและยาแก้พิษของโคนันก็ได้ดำเรื่อยมา ได้เกิดคดีต่างๆและค้นพบบุคคลสำคัญต่างๆ ที่เกี่ยวข้องกับพวกชายชุดดำมากขึ้น อย่างไรก็ดียอดนักสืบจิ๋วโคนันเป็นการ์ตูนเรื่องยาวที่มีการดำเนินเรื่องราวคดี, ความสัมพันธ์และความรักของตัวละคร, และองค์กรชุดดำที่ดำเนินไปอย่างช้าๆ โดยยังไม่มีการกล่าวถึงตอนแต่ประการใดแต่ได้มีการแต่งฟิคตอนมากมายโดยแฟนคลับที่ติดตามโคนัน