ยี่สิบปีก่อนที่จะมีการเริ่มต้นของเรื่องราวดาวเคราะห์น้อยมุ่งหน้าไปยังโลกทำลายพลูโต เนื่องจากการทำลายของดาวพลูโตดาวเคราะห์น้อยซึ่งถูกขนานนามว่า ธ นาโตสจะกลายเป็นนิ่งชั่วคราว ตอนนี้เพื่อหลีกเลี่ยงการถูกทำลายที่กำลังจะเกิดขึ้นของโลกหน่วยงานพัฒนาระบบ Solarsystem International (ISDA) ทำงานใน "D-Project" และสร้าง "Dragonaut" หลังจากหาไข่มังกรใต้มหาสมุทร วัตถุประสงค์หลักของอาวุธนี้คือการทำลายดาวเคราะห์น้อยเมื่อถึงเวลา อย่างไรก็ตามในไม่ช้าพวกเขาก็พบว่าดาวเคราะห์น้อยไม่ใช่ภัยคุกคามเพียงอย่างเดียวของพวกมันเช่นเดียวกับสิ่งมีชีวิตที่เหมือนมังกรที่ทรงพลังซึ่งกำลังก้มลงถูกทำลายปรากฏขึ้นบนโลก หลังจากได้เห็นการฆาตกรรมโดยหนึ่งในสิ่งมีชีวิตจินกามิชินะเด็กชายวัยเหงาอายุ 18 ปีผู้สูญเสียครอบครัวจากอุบัติเหตุรถรับส่งเมื่อสองปีก่อนเข้ามามีส่วนร่วมในความลึกลับของมังกรและกลายเป็นนักบินของ Dragonaut ช่วยเขาในการเดินทางของเขาคือโทอาหญิงลึกลับที่ช่วยชีวิตเขาจากการล้มตายหลังจากที่สัตว์ร้ายโจมตีเขา เมื่อพวกเขาเข้าไปลึกเข้าไปในความลึกลับของมังกรพวกเขาพบเพื่อนใหม่และศัตรูและเริ่มพัฒนาความสัมพันธ์ที่ใกล้ชิดยิ่งขึ้น