Yu Gi ☆☆ Oh! 5D ที่ตั้งอยู่ในอนาคตอันใกล้ไม่ไกลคือผลสืบเนื่องของ Yu ☆ Gi ☆ Oh !: Duel Monsters GX ต่อไปนี้จากรุ่นก่อนของการแสดงเป็นศูนย์กลางในเกมการ์ด Duel Monsters Neo Domino City เป็นเมืองที่พัฒนาขึ้นใหม่และมีขนาดใหญ่ที่สุดในโลกโดยมีผู้อำนวยการ Rex Godwin คอยให้ความช่วยเหลือ ดาวเทียมเปลี่ยนชื่อ Domino City เก่าเป็นพื้นที่กำจัดขยะหลักของเมืองและผู้อยู่อาศัยที่อาศัยอยู่ในดาวเทียมมีชีวิตอยู่ในสภาพที่น่าสงสารและห้ามไม่ให้ Dueling Fudou Yuusei ซึ่งเป็นตัวเอกสำคัญได้สร้าง D-Wheel (ใช้สำหรับรูปแบบใหม่ของ dueling, Riding Duels) ด้วยความหวังว่าเขาจะสามารถหนีไปยัง Neo Domino City ได้ กระตุ้นด้วยการแก้แค้นต่อแจ็คแอ็ทลัสกษัตริย์แห่งการขี่ดวลเขาสามารถหลบหนีและต่อสู้กับแจ็คการ์ดอันมีค่าของเขาได้เช่น Stardust Dragon อย่างไรก็ตามเมื่อมีการอัญเชิญพร้อมกับมอนสเตอร์ตัวเก่งของแจ็ค Red Demons Dragon มังกร Crimson Dragon มหัศจรรย์จะปรากฏขึ้นพร้อมกับรูปปั้นที่ลึกลับบนแขน Yuusei จากนี้ Yuusei และเพื่อน ๆ ของเขาถูกโยนเข้าสู่โลกแห่งความมืดจากการที่พวกเขาต้องต่อสู้และพยายามที่จะช่วยโลกให้พ้นจากพลังแห่งการทำลายที่จะปรากฏตัวเร็ว ๆ นี้