ผู้สร้างได้ระบุว่าการเชื่อมต่อกับเนื้อหาในเรื่องแต่งเสริมอื่นๆ นั้นเป็นประเด็นจริงจังที่เหล่าผู้สร้างยึดถือ โดยกล่าวว่า Dave Filoni มีความรู้ในเนื้อหาเรื่องแต่งเสริมเป็นอย่างดี อย่างไรก็ดี ลูคัสยังสงวนสิทธิ์ที่จะดัดแปลงเนื้อหาเล็กน้อยเพื่อการเล่าเรื่อง นอกจากนั้นยังต้องปรึกษาลูคัสเสมอเมื่อจะดำเนินเรื่องใดๆ กับตัวละครหลักอีกด้วย ในข้อความโพสต์ทางอินเทอร์เน็ตปี 2006 ของ Randy Stradley บรรณาธิการและผู้แต่งเรื่องของสำนักพิมพ์ Dark Horse Comics กล่าวว่าได้พบกับ Lucas Animation เพื่อพูดคุยถึงการผสานการ์ตูนโทรทัศน์กับหนังสือการ์ตูน เดอะ โคลน วอร์ส[11] อย่างไรก็ดี ภาพยนตร์ฉายโรงและภาพยนตร์ชุดนี้ได้ทำให้เกิดความไม่เข้ากันทางการเชื่อมโยงเนื้อหาหลายอย่าง ในจำนวนนี้หลายอย่างมีความขัดแย้งโดยตรงกับเนื้อหาที่มีอยู่แล้วและจำเป็นต้องมีการแก้เรื่องใหม่เพื่อให้เกิดความเข้ากัน (retcon) รวมทั้งต้องมีการแก้ไขตารางเวลาเดินเรื่องครั้งใหญ่ในเนื้อหาช่วงสงครามโคลน ซึ่งจนปัจจุบันก็ยังไม่ได้รับการระบุชัดจาก Leland Chee ผู้เป็น Keeper of the Holocron โดย Leland Chee กล่าวว่าเขาจะรอจนกระทั่งการ์ตูนชุดนี้เสร็จเป็นส่วนใหญ่ก่อนที่จะจัดทำตารางเวลาใหม่