นาเดีย เด็กสาวที่ถูกคณะละครสัตว์เก็บมาเลี้ยง โดยเธอมีสร้อยหินสีฟ้าเป็นสมบัติติดตัวเธอมา ซึ่งเป็นที่มาของเรื่องราวทั้งหมด ได้ร่วมผจญภัยไปกับฌอง เด็กหนุ่มนักประดิษฐ์ผู้มีพรสวรรค์ที่ได้พบกับนาเดียโดยบังเอิญ และช่วยเธอจากการตามล่าของพวกกลุ่มโจรสลัดที่จะมาชิงเอา หินสีฟ้า ของ เธอไป จนทั้งคู่ได้พบกับสุดยอดเรือดำน้ำที่มีวิทยาการอันล้ำสมัย นอติลุส และกับตันเนโม ผู้ที่รู้ความลับของหินสีฟ้าของนาเดีย พวกนาเดียและฌองต้องเข้ามาอยู่ท่าม กลางสงครามของสุดยอด เทคโนโลยีที่ไม่น่าจะมีอยู่ในยุคนั้น(เรื่องนี้เกิดขึ้นใน ค.ศ.1889) พร้อมกับความลับของทั้งสองฝ่ายซึ่งเกี่ยวข้องกับทวีปแอตแลนติสในตำนาน การต่อสู้ได้ดำเนินไปทั้งในน้ำ บนบก รวมไปถึงในอวกาศ!!! (นับว่าเป็นแนวความคิดที่แหกแนวมากในอนิเมสมัยนั้น) ผลสุดท้ายของสงครามจะเป็นอย่างไร นาเดียจะไขปริศนาของหินสีฟ้าได้หรือไม่ ความรักของฌองและนาเดียจะเป็นอย่างไร ก็ติดตามเอาเองใน นาเดีย กับปริศนาอัญมณีมหัศจรรย์